M. Korkeila, Mikrobiologian uusia tuulia 19.2.2015
Mikrobiologian uusia tuulia Sairaalamikrobiologi Maija Korkeila/Eksote Bioanalyytikot 19.2.2015 Mikrobiologia • • • • Bakteerit Virukset Sienet (hiivat ja rihmasienet) Parasiitit Kliininen mikrobiologia Robert Koch (1843-1910): • Bakteerit aiheuttavat tauteja • Bakteereja voidaan kasvattaa kehon ulkopuolella • Nobel 1905 Bakteeridiagnostiikka • Kulmakivi: viljely maljoille -> tunnistus, herkkyys – Bakteerit kasvavat maljoilla tietyn näköisinä (ja hajuisina) pesäkkeinä – Selektiiviset maljat: vain osa bakteerilajeista tai - kannoista kasvaa – Kromogeeniset maljat: bakteerit kasvavat tietyn värisinä, vain osa kasvaa – Tunnistusmaljat: esim. eskuliinimalja enterokokkeille – Gram-värjäys: gram-positiiviset/gram-negatiiviset, sauvat/kokit – Biokemialliset testit: • Pöytätestit: esim. katalaasi, oksidaasi, streptokokkien ryhmitystestit • Putkitestit, yleensä yön yli • API-liuskat (1970-luku), yleensä yön yli • VITEK : 6h – 18h Mikä tässä on hyvän laboratoriokäytännön vastaista? API 20E VITEK Antigeenitestit • Virukset: esim. influenssa, adenovirus, rotavirus, RS-virus, noro • Bakteerit: esim. pneumokokki, legionella • Todetaan mikrobin osa (antigeeni) näytteestä vasta-aineen avulla • Ei tarvita eläviä mikrobeja • Herkkyys jopa vain 50% (= 50 % vääriä negatiivisia) • (Voi olla myös vääriä positiivisia), ristireaktiot • Tulkinta joskus vaikeaa Mutkia matkassa Maanantai Näyte otetaan klo 16 Tiistai Näyte viljellään maljoille Keskiviikko Jatkot ( tunnistus 0h -> ) Mahdollisesti alustava vastaus Torstai Tunnistus ja herkkyys valmiina Perjantai Tunnistus ja herkkyys valmiina Maanantai Tunnistus ja herkkyys valmiina Eikö ole mitään nopeampaa, varmempaa? • PCR ja muut geenimonistusmenetelmät • Massaspektrometri • Kokogenomisekvenointi • Virtsaviljely: partikkelilaskenta seulontamenetelmänä • Viljelyautomaatit Virtsaviljely, partikkelilaskenta • Virtaussytometria (esim. Sysmex UF-500 , UF-1000) Bakteerimäärä, leukosyyttimäärä, ikä, sukupuoli negatiiviset positiiviset viljely Viljelyautomaatit Uudet tuulet bakteerien tunnistuksessa PCR • polymerase chain reaction • 1971 PCR:n kaltainen menetelmä (-> Nobel) • 1980-luvun alku: PCR käytännön tasolle (-> Nobel) • monistuksen kohteena haluttu geenipätkä • nykyisin yleensä real-time-PCR Real-time PCR • Monistuksen kohde ( DNA- templaatti) • Aluke (primer) • Polymeraasientsyymi: monistaa kohde-DNA:n • dNTP:t eli deoksinukleotidit : adeniini, tymiini, cytosiini, guaniini • Fluoresoiva merkkiaine: monistettavan tuotteen määrää seurataan reaaliaikaisesti 1.Denaturaatiovaihe 2. Alukkeiden liittymisvaihe (annealing) 3. Pidentymisvaihe (elongation) Sisäiset kontrollit Meillä GeneXpert Meillä GeneXpert • • • • • • Influenssa (A, H1N1, B) Norovirus Mycobacterium tuberculosis (+ rifampisiini-resistenssi) Klamydia-tippuri Clostridium difficile-toksiini MRSA - 1h- 1,5h - hinta 30- 50euroa/testi - laite: noin 10 000 e/testimoduuli Massaspektrometri, Maldi-tof • • • • • Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Pesäkkeestä otetaan massaa ”kuoppalasille” Tulos yhdessä minuutissa Laite noin 150 000 e Huolto noin 20 000e /v – mm. reagenssisäästöt • Noin 0,50 e/testi Lisäkuvat liitteenä Mutkia matkassa Maanantai Näyte otetaan klo 16 Tiistai Näyte viljellään maljoille Keskiviikko Jatkot ( tunnistus 0h -> ) Mahdollisesti alustava vastaus Torstai Tunnistus ja herkkyys valmiina Perjantai Tunnistus ja herkkyys valmiina Maanantai Tunnistus ja herkkyys valmiina Kokogenomisekvenointi • • • • • • WGS, whole genome sequencing 90% genomin emäsjärjestyksestä määritetään Nykyisin viljelmästä, tulevaisuudessa suoraan näytteestä! Resistenssiomaisuudet (esim. MRSA) Tyypitys -> epidemiaselvitykset Esim. M.tuberculosis: – Nykyisin lajimääritys + herkkyys kestää useita viikkoja – WGS: pari päivää • 100-200 euroa/tutkimus • Tulee todennäköisesti korvaamaan ainakin osan nykymenetelmistä Mikrobiologian laboratorio Eksotessa tulevaisuudessa?
© Copyright 2025