1. No category

Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Elucigene® QST*R-21 Euplex
Bruksanvisning
Produkt
Elucigene QST*R-21 Euplex
Størrelse
10 tester
Katalogkode
ANE21BX
Til in vitro-diagnostisk bruk
Fremstilt av:
Elucigene Diagnostics
Citylabs
Nelson Street
Manchester
M13 9NQ
Salg, kundetjeneste og teknisk støtte: T: +44 (0) 161 669 8122
F: +44 (0) 161 669 8129
E: enquiries@elucigene.com
E: techsupport@elucigene.com
Elucigene Diagnostics er handelsnavnet til Delta Diagnostics (UK) Limited., et selskap registrert i England og
Wales under registreringsnummer 8696299.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 1 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Elucigene QST*R-21 Euplex
Beregnet bruk
QST*R-21 Euplex er et tilleggssett som er utformet for bruk i forbindelse med QST*R eller
QST*Rplusv2, for den rutinemessige kvantitative in vitro-diagnosen av trisomier forbundet med
kromosom 21 (Down syndrom). Analysen gir ytterligere kromosomtesting der dette er nødvendig eller
for bekreftelse av positive resultater. Metoden som brukes av disse settene er QF-PCR-teknikken
(Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction). Anordningene skal brukes på DNA,
ekstrahert fra enten amnionvæske eller chorionbiopsi (CVS) som tas under amniocentese. Den tiltenkte
målbefolkningen er gravide kvinner som har blitt vurdert til å ha «høy risiko» for å bære et berørt foster,
enten i henhold til biokjemiske eller ultralyddiagnostiske prosedyrer, eller vurdert til å ha «risiko» enten
på grunn av tidligere familiehistorie eller morens alder. Anordningen er beregnet brukt i forbindelse med
andre diagnostiske prosedyrer for å støtte eller avvise den foreslåtte kliniske diagnosen.
Anordningen skal bare brukes av fagfolk i et molekylært eller cytogenetisk laboratoriemiljø.
Oppsummering og forklaring
Risikoen for å få et barn med Down syndrom øker betydelig med morens alder, fra omtrent 1:1600 i
alderen 20–24 til 1:200 i alderen 35 og 1:19 i alderen 45 og eldre. Gravide kvinner tilbys rutinemessig
screening for Down syndrom i graviditetens første trimester. En standardtest er den såkalte OSCARtesten, One Stop Clinical Assessment of Risk, som utføres mellom 10 og 13,5 ukers graviditet. Dette
er en kombinasjon av to biokjemiske markører, fritt beta hCG (humant choriongonadotropin) og PAPPA (Pregnancy Associated Plasma Protein-A) med måling av tykkelsen på fosterets nakkefold
(nakkeoppklaring) (1). En kombinasjon av resultatene av disse tre testene gir et generelt risikotall.
Kvinner som anses som å ha økt risiko for å få et barn med Down syndrom, blir da tilbudt en
amniocentese for å teste direkte for abnormitet. Amniocentese er en invasiv test og innebærer innføring
av en nål, veiledet med ultralyd, inn i fostervannssekken som omgir fosteret. En liten prøve, vanligvis
10–20 ml amnionvæske som inneholder føtale celler, blir trukket ut og testet.
Down syndrom ble oppkalt etter Dr John Langdon Down i 1866, selv om det ble beskrevet tidligere. Det
er forårsaket av trisomi for alle eller deler av kromosom 21 (2). I tillegg til en kognitiv funksjonshemming
av varierende grad, har personer med Down syndrom vanligvis en rekke felles karakteristikker, inkludert
hypotoni (lav muskelspenning), en fremstående tunge, mandelformede øynene forårsaket av en
epikantisk fold, skråstilte øyeåpninger, enkel tversgående hudfold i håndflaten og kortere lemmer enn
normalt. De har også økt risiko for medfødte hjertefeil, og senere i livet har de økt risiko for å utvikle en
form for Alzheimers.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 2 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Prinsipper for prosedyren
Metoden som brukes av Elucigene QST*R-settene er QF-PCR-teknikken (Quantitative FluorescencePolymerase Chain Reaction) (3-7).
Ved hjelp av PCR-amplifisering rettes fluorescerende
fargestoffmarkerte primere mot svært polymorfe områder av DNA-sekvensen, kalt korte
tandemrepetisjoner (STR-er) som er plassert på kromosomene av interesse. Hver målrettet STRmarkør er spesifikk for kromosomet der den er plassert. Kopinummeret på STR-markøren kan derfor
bli diagnostisk for kopinummeret på kromosomet. Det har blitt valgt informative STR-markører som
viser høy heterogenitet, slik at kopinummeret lett kan bestemmes. En normal diploidprøve har det
normale komplementet av to av hver av de somatiske kromosomene, så to alleler av et
kromosomspesifikk STR bestemmes av QF-PCR-teknikken som to topper i forholdet 1:1. Observasjon
av en ekstra STR-allel som enten et mønster med tre topper i et 1:1:1-forhold, eller et mønster med to
topper i et 2:1- eller 1:2-forhold er diagnostisk for tilstedeværelsen av en tilleggssekvens, som i sin tur
kan representere et ekstra kromosom, som er tilfelle ved en trisomi.
Amplifiserte produkter fra QF-PCR-teknikken blir analysert kvantitativt med kapillærelektroforese på en
Genetic Analyzer for å bestemme kopinummeret på analyserte STR-markører.
Advarsler og forholdsregler
1. Den normale DNA-kontrollen som følger med i settene har blitt uavhengig testet og funnet å
være negativ for hepatitt B-virus (HBV), hepatitt C-virus (HCV) og humant immunsviktvirus
(HIV) 1 og 2.
2. Vær forsiktig ved håndtering av materiale av human opprinnelse. Alle prøver bør betraktes som
potensielt smittefarlige. Ingen testmetoder kan gi full garanti for at HBV, HCV, HIV eller andre
infeksiøse agenser er fraværende.
3. Håndtering av prøver og testkomponenter samt bruk, oppbevaring og avhending av disse, skal
gjøres i samsvar med fremgangsmåtene som fremgår av gjeldende nasjonale retningslinjer
eller forskrift for biologisk sikkerhet.
4. I overensstemmelse med gjeldende god laboratoriepraksis, skal laboratoriene behandle sine
egne interne kvalitetskontrollprøver av kjent type i hver analyse, slik at prosedyrens validitet
kan vurderes.
5. Hvis esken med settet er skadet, kan det finnes skade på innholdet. Ikke bruk settet. Kontakt
kundetjenesten.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 3 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Symboler som brukes på etiketter
Symbolene som brukes på alle etiketter og emballasje er i samsvar med den harmoniserte
standarden
ISO 15223
Produsent
Antall tester
Se bruksanvisningen
X°C
Oppbevares under angitt temperatur
Brukes før angitt dato
Katalogkode
Parti- eller batchnummer
In vitro-diagnostisk medisinsk anordning
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 4 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Vedlagte materialer
Alle komponenter skal oppbevares under -20 °C.
Elucigene QST*R-21 Euplex IVD-settet inneholder:
450226 1 x 100 µl reaksjonsblanding (TA)
404485 1 x 50 µl kontroll-DNA (DC)
Tilstrekkelig for 10 tester.
Sett-preparering og oppbevaring
Når settet åpnes, anbefaler vi at reaksjonsblandingen dispenseres inn i 0,2 ml PCR-hetteglass i 10 µl
volumer og fryses ved -20 °C. Sørg for at innholdet i hetteglassene er grundig opptint og blandet før
dispensering.
Kontroll-DNA skal fryses ved -20 °C.
Nødvendige materialer som ikke følger med
Generelt
Forbruksvarer for laboratoriet – hansker, mikrosentrifugerør med skrukork, 0,2 ml PCR-hetteglass eller
mikrotiterplater som anbefales av produsenten av termosykleren som brukes, pipettespisser.
Laboratorieutstyr – presisjonspipetter (2 sett: 1 til håndtering av preamplifisering og 1 til
postamplifisering: fortrinnsvis spesialpipetter for problemvæsker), verneklær, vorteksblander,
mikrosentrifuge, sentrifuge for 96-brønners mikrotiterplate.
DNA-ekstraksjon
DNA-preparering – InstaGene Matrix (Bio-Rad Laboratories, kat.nr. 732-6030), sterilt avionisert vann.
PCR-amplifikasjon
Termosykler som rommer 96-brønners mikrotiterplater eller 0,2 ml hetteglass, med en
temperaturnøyaktighet på +/- 1 °C mellom 33 °C og 100 °C og statisk temperaturjevnhet på +/- 1 °C.
QST*R-21 Euplex har blitt godkjent for og demonstrert ytelse i henhold til spesifikasjoner på følgende
termosykler-plattformer:




Life Technologies GeneAmp 9700 (drift i standardmodus)
Life Technologies Veriti Dx (drift i standardmodus)
Life Technologies Veriti Dx (drift i 9700-simuleringsmodus)
Life Technologies Proflex (drift i standardmodus)
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 5 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Kapillærelektroforese
Kapillærelektroforese – GeneScan 500 LIZ standard størrelse (ABI kat. nr. 4322682), POP-7 Polymer
(ABI kat. nr. 4352759), DS-33 (fargesett G5) matrisestandard (ABI kat. nr. 4345833), 10 x Genetic
Analyzer Buffer (ABI kat. nr. 402824) og Hi-Di-formamid (ABI kat. nr. 4311320).
Applied Biosystems ABI 3130 og 3500 Genetic Analyzer (med gjeldende programvare for
datainnsamling), 36 cm kapillærarray (50 cm kapillærarray for 3500 Genetic Analyzer), optiske 96brønns plater, 96-septabrønn, 96-brønnkassetter.
Dataanalyse
En av følgende programvarepakker for dataanalyse er påkrevd: GeneMapper 3.7 (Applied Biosystems
Inc.) eller høyere, eller GeneMarker 1.65 (SoftGenetics LLC) eller høyere.
Ekstra Elucigene QST*R-dokumentasjon
Denne bruksanvisningen inneholder et grunnleggende avsnitt om tolkning av resultatene som oppnås,
i tillegg til en guide til programvareanalyse med både GeneMapper- og GeneMarker-pakkene. En
ekstra tolkningsveiledning med eksempler og ordliste er tilgjengelig på Elucigenes nettsted
http://www.elucigene.com/product-category/rapid-aneuploidy-analysis/.
Prøvetaking og -oppbevaring
Det bør brukes chorionic villus- (CV)- eller amniovæske (AF)-prøver. Prøveoppsamlingsanordninger
har sporadisk vært rapportert å være skadelige for integriteten ved visse analytter og kan innvirke på
enkelte metodeteknologier. Det anbefales at hver bruker påser at den valgte anordningen brukes i
samsvar med produsentens instruksjoner og at prøveoppsamlingsanordningene og DNAprepareringsmetoder er kompatible med denne testen.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 6 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
DNA-ekstraksjon
Elucigene QST*R-settene er validerte med InstaGene-matrisemetode for DNA-ekstrahering og kan
utføres i ett enkelt rør, og derved eliminere nødvendigheten av rør-til-rør-overføringer. Andre
ekstraksjonsmetoder har vist seg å gi like pålitelige resultater, for eksempel Qiagen QIAamp-settene.
InstaGene-metoden for DNA-ekstraksjon er beskrevet nedenfor:
InstaGene ekstraksjonsmetode
Amnionvæske (AF)
Omtrent 1-2 ml av amnionvæske skal brukes.
Chorionic Villus (CV)
CV-prøver skal rengjøres omhyggelig for å fjerne eventuell vedhengt uterusslimhinne. Det er viktig at
celler fra mer enn én region på prøven blir testet, og at celler fra mesenkymkjernen er til stede. En liten
alikvot av cellesuspensjonen, klargjort for konvensjonelt oppsett av cellekultur, anbefales til QST*Ranalyse. Dette sørger for at QST*R-resultatet oppnås fra den samme populasjonen av celler som
brukes til karyotypeanalyse.
1. Resuspender InstaGene-matrisen på magnetrøreren og still inn på middels hastighet i minst 5
minutter.
2. Sentrifuger prøven (AF eller CV) ved 12.000 g i 1 minutt for å pelletere cellene.
3. Ta prøvene ut av sentrifugen og sjekk pelleten visuelt for blodfarging. Gjør notater om prosentdelen
av blodfarging, hvis dette er aktuelt.
4. Fjern og kasser omhyggelig supernatanten fra pelleten, og sørg for at pelleten ikke berøres. La det
bli igjen omtrent 10–20 µl av supernatanten for resuspendering av pelleten.
5. Bland prøven grundig ved hjelp av vorteksering.
6. Hvis mer enn 50 % av blodfarging blir observert, fortsett til trinn 7. Hvis mindre enn 50 % blodfarging
blir observert, fortsett til trinn 8.
7. Tilsett 200 µl sterilt avionisert vann til cellepelleten. Bland grundig ved hjelp av vorteksering. Sentrifuger ved
12 000 g i 1 minutt, fjern supernatanten og la 10–20 µl av supernatanten bli igjen for resuspendering av pelleten.
Merknad: Dette ekstra vasketrinnet bidrar til å lysere de røde blodcellene og fjerne hem som
kan inhibere PCR.
8. Tilsett 200 µl InstaGene-matrise fra trinn 1 til prøvene ved bruk av en pipettespiss med stort hull, for
eksempel 1000 µl.
Merknad: For å optimalisere ekstraksjonsprotokollen, kan det tilsatte volumet av InstaGenematrise (Chelex-100 resin) varieres med 100 µl InstaGene-matrise for små AF-cellepelleter
(så vidt synlige), eller 300 µl for store pelleter (som dekker bunnen av røret), CV- og
vevsprøver. Registrer mengden av InstaGene-matrise tilsatt hver prøve.
9. Bland prøvene grundig ved hjelp av vorteksering, og inkuber ved 100 °C i 8 minutter i en varm blokk
eller vannbad.
10. Bland grundig på nytt ved å vorteksere ved høy hastighet i 10 sekunder.
11. Sentrifuger prøvene ved 12.000 g i 3 minutter. Supernatanten inneholder det ekstraherte DNA-materialet.
12. Fortsett til oppsett av PCR eller oppbevar den ekstraherte DNA ved -20 °C til DNA er nødvendig.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 7 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
DNA-konsentrasjon
Det anbefales at det brukes alternative DNA-ekstraksjonsmetoder og at prøvetypene blir grundig
evaluert med Elucigene QST*R-testen før resultatene brukes til diagnostiseringsformål.
Under optimale PCR-forhold og ved bruk av anbefalte prøveinjeksjonsinnstillinger* som beskrevet i
kapillærkolonnens kjøringsmodul (side 11), blir akseptable resultater kontinuerlig oppnådd med innsatte
DNA-mengder på 1,25 ng til 10 ng.
*Merknad: Innstillingene for prøveinjeksjon kan endres slik at de tilpasses mengden amplikon som
produseres under PCR-reaksjonen, som kan variere på grunn av mengden av genomisk DNA som
tilsettes. Mindre amplikon kan brukes i kolonnen til analyse ved å redusere injeksjonstiden. Omvendt
kan mer amplikon brukes i kolonnen til analyse ved å øke enten tiden eller spenningen ved injeksjonen.
Tidligere amplifiserte prøver kan injiseres på nytt flere ganger for ny analyse.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 8 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Testprotokoll
Amplifikasjonsprosedyre
Merknad: Trinn 3–5 skal utføres på et sted fritt for DNA, slik at risikoen for kontaminasjon
minimeres. Det bør også iverksettes tiltak for å unngå kontaminering med PCR-produktet.
1. Programmer termosykleren for ett enkelt syklustrinn for å aktivere DNA-polymerase ved 95 °C
i 15 minutter, forbundet til et amplifikasjonssyklusprogram på 30 sekunder ved 95 °C
(denaturering), 1 minutt og 30 sekunder ved 59 °C (annealing) og 1 minutt og 30 sekunder ved
72 °C (forlengelse) i 26 sykler. Dette bør forbindes til en 30 minutters tidsforsinkelsesfil ved 72
°C (forlengelse) i den siste syklusen.
Endelig
Sykling
forlengelse
Enzymaktivering
95 oC
95 oC
15 min.
30 sek
72 oC
72 oC
1 min 30
sek.
30 min
59 oC
Omgivelsestemperatur
1 min 30 sek.
26 sykler
2. En negativ (vann) kontroll skal inkluderes i hver PCR-kjøring. Det kan også vurderes å være
passende å inkludere andre kontroller, for eksempel positiv normal (DNA-kontroll følger med)
og positiv trisomi-kontroll (DNA følger ikke med).
3. Tin opp tilstrekkelige antall hetteglass med pre-alikvotert QST*R-21 Euplex-reaksjonsblanding
for antallet prøver og kontroller som skal kjøres (se merknad under Materialer som følger med)
og sentrifuger hetteglassene ved 12,000g i 10 sekunder.
4. Bruk separate pipettespisser og tilsett 2,5 µl test-DNA i et prøvehetteglass som inneholder 10
µl QST*R-21 Euplex-reaksjonsblanding og bland ved å pipettere opp og ned. Gjør dette med
alle prøvene som skal testes.
5. DNA skal ikke tilsettes PCR-hetteglasset for negativ kontroll, i stedet tilsettes 2,5 µl sterilt
destillert vann.
Merknad: Vær forsiktig for å unngå å kontaminere PCR-reaksjonen med InstaGeneresin.
6. Sentrifuger kort hetteglassene til all væske er på bunnen av hvert hetteglass.
7. Sett hetteglassene fast på plass i blokken på den termiske variatoren.
aktiviseringsprogrammet på 95 °C, fulgt av amplifikasjonsprogrammet (se trinn 1).
Start
8. Når amplifiseringssyklusprogrammet er ferdig, kan prøvene oppbevares i romtemperatur over
natten, eller ved 2–8 °C i opptil 7 dager før de analyseres med kapillærelektroforese.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 9 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Kapillærelektroforese
Det anbefales at hver bruker påser at det valgte utstyret brukes i henhold til produsentens instruksjoner,
og er kompatibelt med testen. I denne sammenhengen er nøkkelparametrene polymeren og
kapillærarrayet. Optimale resultater kan oppnås ved følgende kapillærelektroforeseforhold på en
ABI3130 eller ABI3500 Genetic Analyzer.
1. Kombiner 6,85 μl av standardstørrelse med 250 μl Hi-Di formamid og bland grundig
(tilstrekkelig blanding til 16 brønner). Dispenser 15 μl av blandingen i nødvendig antall brønner
på en optiske 96-brønns plater *.
2. Tilsett 3 μl testprøve PCR-produkt til blanding av standardstørrelse (fra trinn 1) som allerede er
dispensert inn i platen og bland med pipetten. Forsegle platen.
3. Denaturer PCR-produktet som er dispensert i den optiske platen på en termosykler med
følgende parametre: 94 °C i 3 minutter forbundet med 4 °C i 30 sekunder.
4. Sentrifuger platen ved 1,000 g i 10 sekunder for å fjerne eventuelle bobler i brønnene, og last
den over på Genetic Analyzer.
*Merknad: Det er viktig at ubrukte brønner (dvs. brønner hvor ingen DNA-prøve er lastet inn)
fremdeles er lastet med Hi-Di formamid for å sikre at kapillærene ikke tørker ut.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 10 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Dataanalyse etter PCR
ABI3130 GENETIC ANALYZER
Opprett et prøveark med 3130 datainnsamlingsprogramvaren med følgende innstillinger:
• Sample name (Prøvenavn): dette må være det samme prøvespesifikke navnet eller nummeret.
• Run Owner (Kjøringseier): velg standard eier for laboratoriet.
• Run Protocol (Kjøreprotokoll): QSTR (inneholder QST*R 3130 kjøringsmodul – se nedenfor)*.
*Merknad: Det er nødvendig å opprette en kjøringsmodul som beskriver instrumentinnstillingene og
deretter tilordne dette til en kjøringsprotokoll der fargesett G5 har blitt valgt. Mer informasjon om oppretting
av kjøringsmodulen finnes i instrumentets brukerhåndbok.
3130 RUN MODULE (KJØRINGSMODUL)
FOR POP7 POLYMER
36 cm kapillærmodul: QSTR
#
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
Parameternavn
Oven Temperature
(Ovnstemperatur)
Poly_fill_Vol.
(Poly Fyll Vol.)
Current Stability
(Strømstabilitet)
PreRun_Voltage
(Prekjøringsspenning)
Pre_Run_Time
(Prekjøringstid)
Injection_Voltage
(Injeksjonsspenning)
Injection_Time
(Injeksjonstid)
Voltage_Number_of_Steps
(Spenning_Antall_Trinn)
Voltage_Step_Interval
(Spenningstrinnintervall)
Data_Delay_Time
(Dataforsinkelsestid)
Run_Voltage
(Kjøringsspenning)
Run_Time
(Kjøringstid)
ANE21BYNO 002
Verdi
60
6500
5,0
15,0
180
3,0
15
20
15
60
15,0
1200
OKT-2015
Område
int 18…65 °C
6500…38000 trinn
int 0…2000 uA
0…15 kV
1…1000 s
1…15 kV
1…600 s
1…100 nk
1…60 s
1…3600 s
0…15 kV
300…14000 s
Side 11 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
ABI3500 GENETIC ANALYZER
Det er nødvendig å opprette en QST*R instrumentprotokoll som kan brukes ved hver QST*Rkjøring. Opprett QSTR instrumentprotokoll via 3500 Instrumentprotokollbiblioteket.
Påse at følgende er valgt:
• Run Module (Kjøringsmodul): FragmentAnalysis50_POP7
• Før opp innstillingene beskrevet i bildet nedenfor:
Prøvene kjøres ved å opprette en prøveplate ved å klikke på «Create Plate from Template» (opprett
plate fra mal) i «Dashboard» (instrumentbord), og sørg for at riktig instrumentprotokoll for QST*R har
blitt tilordnet (se ovenfor).
Analyse og tolking av resultater
Det anbefales at hvert laboratorium utvikler sine egne tolknings- og rapporteringsprosedyrer og kriterier. Retningslinjer for best praksis for QF-PCR har blitt dokumentert av Association for Clinical
Genetic Science, og er tilgjengelig for referanse på:
www.acgs.uk.com
PCR-produktene blir observert som et 5-farger merket system med filtersett G5. Filtersett G5 detekterer
6-FAM (blå), VIC (grønn), NED (gul) og PET (rød) merkede fragmenter, pluss størrelsesstandard
markør merket med LIZ (oransje) på et elektroforetogram og i GeneMapper- eller GeneMarkerprogrammet.
En tolkningsveiledning er tilgjengelig på Elucigenes nettsted:
http://www.elucigene.com/product-category/rapid-aneuploidy-analysis/
Viktig merknad: Forskjellige kombinasjoner av instrument, polymer og størrelsesstandard
kan gi størrelsesbeskrivelsen mindre variasjoner. Under valideringen av settet, bør brukeren
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 12 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
kontrollere at standardbin-innstillingene resulterer i nøyaktig toppmerking og justere hvis nødvendig.
Hvis
det
oppstår
vanskeligheter,
ta
(techsupport@elucigene.com ) for veiledning.
kontakt
med
teknisk
støtteavdeling
Generelle analyseretningslinjer for QST*R-21 Euplex
1. Den negative kontrollen bør ikke vise skarpe topper innenfor leseområdet på 100 til 510 bp.
2. Den positive kontrollen må vise de forventede resultatene og alle topper må oppfylle kriteriene
nedenfor.
3. Ved analyse av DNA-prøver, bør minst 1 topp observeres for hver markør som ble testet. Det
akseptable området for markørtopper analysert på 3130 Genetic Analyzer, er mellom 50 og 6000
relative fluorescerende enheter (rfus), og for 3500 Genetic Analyzers mellom 175 og 32000 rfus.
Topphøydene som faller utenfor dette området må ikke analyseres.
4. Elektroforetogrammer av dårlig kvalitet grunnet for sterk gjennomblødning mellom fargene (også
kalt «pull-up»), eller «elektroforetiske spisser» (skarpe topper til stede i mer enn én farge), skal ikke
tolkes. PCR-produkter skal reinjiseres og analyseres på nytt.
5. Analysen utføres ved vurdering av toppforholdene (A1/A2), der A1 er toppområdet for det korteste
lengdefragmentet, og A2 er toppområdet for det lengste lengdefragmentet. Det resulterende
forholdet er indikativ for locuskopinummeret. For disomiske kromosomer bør heterozygotiske
markører vise to topper med samme høyde. En fullstendig analyse av kromosomkopinummerets
status utføres med sammenligning mellom toppområdeforholdene.
6. Heterozygotiske di-alleliske (det vil si to alleler) markører skal falle innenfor et forholdsvindu på 0,8
til 1,4. For to alleler, atskilt av mer enn 24 bp i størrelse, er imidlertid et forhold på opptil 1,5
akseptabelt. Eventuelle verdier som faller innenfor denne regionen anses å ha et forhold på 1:1.
Hvis forholdsbalansen faller utenfor dette vinduet, kan det være forårsaket av flere faktorer, for
eksempel:








hel kromosomtrisomi
delvis kromosomtrisomi (inkludert submikroskopiske duplikasjoner)
mosaisisme
kontaminert andre genotype (for eksempel maternell, tvilling, ekstern)
skyggebånd (stutters) forårsaker forskyvning
foretrukket amplifisering av én allele forårsaker forskyvning
polymorfismer på primerstedet
somatiske mikrosatellittmutasjoner
Guide to Interpretation (tolkningsveiledningen) gir eksempler på typiske profiler for mange av disse.
Homozygotiske markører er uinformative, siden et forhold ikke kan bestemmes.
7. For å tolke et resultat som unormalt (det vil si trisomi er til stede), kreves minst to informative
markører som er konsistente med en tri-allelisk genotype, mens alle andre markører er
uinformative. Det anbefales ikke å tolke et resultat som unormalt basert på informasjon fra bare én
markør.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 13 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Trisomi bestemmes av enten:
7.1. To topper med ulik høyde, fordi én av toppene representerer to alleler, som er felles for én eller begge
foreldrene. I dette tilfellet vil forholdet mellom de to toppene bli klassifisert som 2:1 eller 1:2 slik at A1/A2
gir et resultat i regionen 1,8 til 2,4, når toppen som representerer allelet med kortest lengde er større i
området enn toppen som representerer allelet med lengre lengde, eller der A1/A2 gir et resultat i
regionen på 0,45 til 0,65 når toppen som representerer allelet med kortest lengde er mindre i området
enn toppen som representerer allelet med lengre lengde.
7.2. Tre topper med sammenlignbare høyde er tilstede. Forholdet mellom toppene blir klassifisert som 1:1:1,
og verdiene deres faller innenfor det normale området på 0,8–1,4 (selv om for alleler som er atskilt av
mer enn 24 bp, er et allelforhold på opptil 1,5 akseptabelt). Hvis dette ikke forekommer, kan årsaken
være én av faktorene nevnt i trinn 6.
8. For å tolke et resultat som normalt, er det nødvendig med minst to informative markører som er
forenlige med en diallelisk genotype og alle andre markører som uinformative. Et normalt resultat
angir det normale komplementet av to for kromosomene som er testet.
9. Toppområdeforholdene som faller mellom de normale og unormale områdene klassifiseres som
ufullstendige. Ufullstendige resultater kan løses ved å bruke enkeltkromosomsettene.
10. Hvis både normale og unormale allelmønstre oppnås for et enkelt kromosom, anbefaler vi at
oppfølgingsstudier utføres for å identifisere årsaken til uoverensstemmende resultater før
konklusjonene nås.
11. I sjeldne tilfeller kan allelstørrelser for markører overlappe. Hvis dette mistenkes, kan analyse med
det enkle kromosomsettet løse dette.
Ytelseskarakteristikker
INTERN VALIDERING
Tretti (30) DNA-prøver ekstrahert fra amnionvæske eller chorionic villus og av kjent kromosom 21ploiditetsstatus, ble testet med Elucigene QST*R-21 Euplex. Resulterende data ble analysert ved å
følge de anbefalte metodene. Alle de tretti prøvene amplifiserte tilfredsstillende på første forsøk. Av
disse ble 25 fastslått å være normale, og 5 indikerte tilstedeværelse av trisomi 21. Alle resultater viste
100 % samsvar med resultater tidligere oppnådd med alternative, etablerte metoder.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 14 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Analyseveiledning for GeneMapper (v3.7 og over)
Merknad: Følgende GeneMapper-skjermbilder er tatt fra GeneMapper v5.0
Importere og analysere QST*R-filer
1. Åpne GeneMapper-programfilen
2. Klikk på
for å legge datafiler til et nytt prosjekt. Naviger til stedet der FSA-filene for
rådata er lagret, marker de aktuelle datafilene og klikk på knappen «Add to List>>»
(legg til i listen).
3. Kjøringsmappen vil nå vises i vinduet «Samples to Add» (prøver som skal legges til).
Et dobbeltklikk på kjøringsmappeikonet i dette vinduet viser alle FSA-filer som skal
importeres. Prøvene blir deretter lagt til ved å klikke på
nederst på skjermen.
Datafilene vises nå innen hovedskjermbildet i GeneMapper (figur 2)
Figur 2: Prøver som er klare til å legge til i prosjektet
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 15 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Importere QST*R analyseinnstillinger i GeneMapper Manager (GeneMapperstyring)
Det er nødvendig å importere QST*R-innstillingene for GeneMapper. Denne prosessen kontrolleres
gjennom grensesnittet «GeneMapper Manager» (GeneMapper-styring). QST*R GeneMapperinnstillinger er tilgjengelig fra Elucigenes nettside: http://www.elucigene.com/product-category/rapidaneuploidy-analysis/
1. Åpne «GeneMapper Manager» ved å klikke på ikonet
.
2. Velg kategorien «Analysis Methods» (analysemetoder) og klikk så på importknappen
3. Naviger til og importer nødvendig(e) QST*R-fil(er) med analyseinnstillinger (3130 eller 3500)
4. Gjenta fremgangsmåten, velg den aktuelle kategorien og importer korresponderende filer for:

• Table Settings (tabellinnstillinger)

• Plot Settings (plottinnstillinger)

• Size Standards (størrelsesstandarder)
Merknad: Cluster Plot Settings (klyngeplot-innstillinger), Matrices (matriser), SNP Sets (SNPsett) og Report Settings (rapportinnstillinger) krever ikke import av filer.
Importere QST*R-21 Euplex panelinnstillinger i «Panel Manager» (panelstyring)
Det er nødvendig å importere QST*R-21 Euplex panel- og bin-innstillinger for GeneMapper. Denne
prosessen kontrolleres gjennom grensesnittet «Panel Manager» (panelstyring).
QST*R-21 Euplex-spesifikke filer med GeneMapper panel- og bin-innstillinger er tilgjengelig på
Elucigenes nettsted: http://www.elucigene.com/product-category/rapid-aneuploidy-analysis/
1. Åpne Panel Manager-programmet ved å klikke på ikonet
.
2. Klikk på «Panel Manager» i navigasjonsvinduet til venstre. Panel Manager vil nå vises uthevet
i blått.
3. Velg «File/Import Panels» (fil/importere paneler). Naviger til og importer filen GeneMapperpanelfilen
«QSTR-21 Euplex GeneMapper Panel File.txt» (figur 3).
4. Panelfilen vil nå vises i navigasjonsvinduet til venstre. Klikk på panelfilen slik at den utheves i
blått.
5. Velg «File/Import Bin Set» (fil/importer bin-sett). Naviger til og importer GeneMapper bin-filen
«QSTR-21 Euplex GeneMapper Bin File.txt» (figur 4).
6. Klikk på “Apply” (bruk) og klikk deretter på “OK”.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 16 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Figur 3: Importere QST*R-21 Euplex GeneMapper-panelfil
Figur 4: Importere QST*R-21 Euplex GeneMapper bin-fil
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 17 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Endre analyseparameterfilen
Det er mulig at standard «Analysis Ranges» (analyseområder) i analyseinnstillingene for QST*R må
endres for å redegjøre for lokale varianser i kjøringsforholdene. Minimum analyseområde avhenger
av kapillæret og polymeren som brukes under dataoppsamling.
Vise dine gjeldende analyseinnstillinger:
1. Åpne «GeneMapper Manager» ved å klikke på ikonet
.
2. Velg kategorien «Analysis Methods» (analysemetoder). Den importerte QST*R-filen vil bli
oppført som «QSTR Analysis v02».
3. Klikk på «QSTR Analysis v02». Raden blir nå uthevet.
4. Klikk på knappen «Open» (åpne) og velg kategorien «Peak Detector» (toppdetektor) (figur 5).
Analyseområdene er satt som standard til 2.000 og avsluttes med 18.000.
Figur 5: Analyseområde.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 18 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Finne riktig analyseområde for ditt laboratorium:
1. Dobbeltklikk på den importerte kjøringsmappen i hovedvinduet GeneMapper hvis du skal vise
listen over FSA-filer den inneholder.
2. Velg en FSA-fil.
3. Et klikk på kategorien “Raw data” (rådata) viser elektroferogrammet over rådata.
4. Bruk den første toppen på størrelsesstandarden (for eksempel 75 bp GS500LIZ) som
veiledning og bestem et datapunkt som er omtrent 100 datapunkt større (Figur 6). Dette
bestemmer det laveste punktet i det analyserbare området.
5. Sørg for at maksimum analyseområde innbefatter den største toppen I størrelsesstandarden
(for eksempel 500 bp GS500LIZ eller 600 bp GS600LIZv2).
6. Sett inn de nye verdiene QST*R analysefil (tilgang til filen beskrives ovenfor).
Figur 6: Finne minimumsområdet ved hjelp av prøverådata
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 19 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Analyse av importerte QST*R-21 Euplex-filer
1. I hovedvinduet for GeneMapper
tabellinnstillinger v02) (figur 7).
velges
«QST*R
Table
Settings
v02»
(QST*R
Figur 7: Angi QST*R tabellinnstillinger
2. Under «Analysis Method» (analysemetode) velger du «QSTR Analysis v02». Fyll ut hver
kolonne ved å trykke på «Ctrl+D». Gjenta denne prosessen og velg «QSTR 21 Euplex» under
overskriften «Panel», og «QSTR» under overskriften «Size Standard» (størrelsesstandard).
Hver gang må du huske å fylle inn ved å trykke «Ctrl+D» for å sikre at hver innstilling brukes
på hele listen av prøver.
3. Klikk på
for å starte prøveanalysen. Tilordne prosjektnavn når du blir bedt om det.
Gjennomgå QST*R-21 Euplex-data
1. Velg prøven som skal analyseres (uthev prøveraden).
2. Klikk på
for å «Display Plots» (vise plotter).
3. Velg «QST*R Plot settings» (QST*R-plottinnstillinger) (figur 8).
Figur 8: QST*R plottinnstillinger, rullemeny
4. Plottvinduet viser prøveprofil med tabulerte data (Figur 9).
Maksimum to topper for hver markør blir merket automatisk av GeneMapper. Hvis tre alleler
er til stede for en markør, skal den tredje umerkede toppen merkes manuelt (se: Manuell
redigering av profiler, nedenfor).
Merknad: Allelstørrelsesområdene for hver markør er basert på tidligere observerte data. Sjeldne
alleler kan falle utenfor den gitte markørens størrelsesområdet og det kan være nødvendig å justere
bin-settet i samsvar med dette.
5. Det anbefales at «Single click editing» (redigere med enkeltklikk) er aktivert i plottvinduet.
Dette gjøres ved å velge «Alleles/set click editing» (alleler/still inn klikkredigering) og påse at
dette alternativet er avmerket.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 20 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Figur 9: Prøveplottvinduet viser merkede spordata og korrelerende genotypetabell
Manuell redigering av profiler
ADVARSEL!
GeneMapper tilordner bare etiketter for opptil 2 topper per markør. Manuell redigering av profiler kan
derfor være nødvendig, det vil si ved tilordning av etiketter til 3. topper (hvis dette er til stede) eller
fjerning av etiketter fra skyggebånd (stutter peaks).
Du kan legge til en toppetikett ved å venstreklikke på den umerkede toppen. Du får mulighet til å legge
til allelkommentar. Klikk på «OK». Toppen vil nå bli merket med sin størrelse i basepar og dens
toppområde. Tabellen vil automatisk inkorporere den nylig merkede toppen.
Du kan fjerne en toppetikett ved å venstreklikke på toppetiketten. Du får mulighet til å slette
allelkommentar. Klikk på «OK». Toppetiketten blir nå fjernet. Tabellen fjerner de slettede toppdataene
automatisk.
Kopiere tabelldata
1. Uthev alle radene med tabellen nederst i plottvinduet.
2. Kopier de valgte radene ved bruk av «Ctrl+C»-tastene.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 21 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
QST*R-21 Euplex-rapportmal
Den tilknyttede QST*R-21 Euplex-rapportmalen kan brukes til å bestemme toppforholdene for en
markør og bidra til analyse av data. Den QST*R-21 Euplex-spesifikke rapportmalen er tilgjengelig fra
nettsiden: http://www.elucigene.com/product-category/rapid-aneuploidy-analysis/
1. Åpne QST*R-21 Euplex-rapportmalfilen (QSTR-21 Euplex Report Template.xlsm).
2. Hvis rapportmalen viser en advarsel som angir at makroer har blitt deaktivert, klikker du på
knappen «Enable Content» (aktiver innhold) for å aktivere makroer (figur 10).
Figur 10: Aktivere makro-funksjon i QST*R-21 Euplex-rapportmal
3. Hvis en sikkerhetsadvarsel vises (som vist i figur 11), klikker du på «Yes» (ja) for å fortsette.
Figur 11: Tillate sikker tilgang
4. Bruk «Ctrl+V» for å lime inn dataene som er kopiert fra GeneMapper-datatabellen (se
ovenfor, «Copying Data Table» (kopiere datatabell)) i cellen øverst til venstre i det skisserte
området (se figur 12).
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 22 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Figur 12: Importere GeneMapper-rådata inn i QST*R-21 Euplex-rapportmalen.
5. De beregnede forholdene for hver markør vil nå vises i datatabellen til venstre. Datatabellen
kan skrives ut eller lagres som en ny fil for hver spesifikke prøve.
6. For å behandle påfølgende prøver er det viktig at alle data fjernes fullstendig fra
rapportmalen. For å gjøre dette klikker du på knappen «CLEAR DATA» (fjerne data) som du
finner under rådatatabellen i QST*R-21 Euplex-rapportmalen. Nye prøvedata kan nå
importeres ved å følge fremgangsmåten angitt ovenfor.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 23 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Skåre rapporten
1. Trisomi bestemmes av enten:
a
To topper med ulik høyde, fordi én av toppene representerer to alleler, som er
felles for begge foreldrene. I dette tilfellet blir forholdet mellom de to toppene
klassifisert som 2:1 eller 1:2. Der A1/A2 gir et resultat i 1,8 til 2,4-området når toppen
representerer allelet med kortest lengde, er større i området enn toppen som
representerer allelet med den lengste lengden, eller der A1/A2 gir et resultat i 0,45 til
0,65-området når toppen som representerer allelet med den korteste lengden er mindre
i området enn toppen som representerer allelet med den lengste lengden.
I begge tilfeller vises «Ratio» (forhold) i kolonnen «Warning» (advarsel).
b
Tre topper med sammenlignbare høyde er til stede. Forholdet mellom toppene blir
klassifisert som 1:1:1, og verdiene deres faller innenfor det normale området på 0,8–1,4
(selv om for alleler som er atskilt av mer enn 24 bp, er et allelforhold på opptil 1,5
akseptabelt).
I dette tilfellet vises «3 Alleles» (3 alleler) i kolonnen «Warning» (advarsel).
2. For å tolke et resultat som unormalt (det vil si trisomi er til stede), kreves minst to informative
markører som er konsistente med en tri-allelisk genotype, mens alle andre markører er
uinformative. Det anbefales ikke å tolke et resultat som unormalt, basert på informasjon fra
bare én markør.
3. For å tolke et resultat som normalt, er det nødvendig med minst to informative markører som
er forenlige med en diallelisk genotype og alle andre markører som uinformative. Et normalt
resultat angir det normale komplementet av to for kromosomene som er testet.
4. Toppområdeforholdene som faller mellom de normale og unormale områdene klassifiseres
som ufullstendige. Ufullstendige resultater kan løses ved å bruke enkeltkromosomsettene.
5. Ved fravær av noen toppdata for en markør, vises «Absent» (fraværende) i
varslingskolonnen. Denne advarselen blir rutinemessig observert ved fravær av Ykromosommarkører.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 24 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
GeneMarker-analyseveiledning
Merknad: Følgende skjermbilder er tatt fra GeneMarker v2.6.3.
Legge til prøvefiler i GeneMarker
Åpne GeneMarker-programfilen, og velg «Open Data» (åpne data) ved ledeteksten. Boksen Open
Data Files (åpne datafiler) vises.
Klikk på knappen «Add» (legg til). Dialogboksen Open (åpne) vises. Navigere til katalogen som
inneholder rådatafiler:
1. Velg alle filene med CTRL+A, eller bruk CTRL og/eller SHIFT-tastene for å velge individuelle
prøver
2. Klikk på knappen «Open» (åpne) i dialogboksen «åpen» (Åpne)
De valgte filene vises i feltet Data File List (datafilliste) (Figur 13).
Figur 13: Prøver lagt til på Data File (datafil)-listen
Klikk på “OK” -knappen i boksen Open Data Files (åpne datafiler). Dette laster opp prøvene til
GeneMarker. Programvaren vil deretter automatisk åpne vinduet Raw Data Analysis (rådataanalyse)
(figur 14).
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 25 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Figur 14: Vinduet Raw Data Analysis (rådataanalyse)
Importere QST*R-21 Euplex GeneMarker-panelinnstillinger
Det er nødvendig å importere QST*R panelinnstillingene for GeneMarker. Denne prosessen
kontrolleres gjennom grensesnittet «Panel Editor» (Panelredigering).
QST*R-21 Euplex GeneMarker-panelinnstillinger er tilgjenglig
http://www.elucigene.com/product-category/rapid-aneuploidy-analysis/
på
Elucigenes
nettsted:
1. Åpne «Panel Editor» (panelredigering) på rullemenyen «Tools» (verktøy) (figur 15).
Figur 15: Velge panelredigering
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 26 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
2. Velg «Import Panels» (importere paneler) fra rullemenyen «File» (fil) (figur 16).
Figur 16: Importere paneler
3. Naviger til og importer panelet QSTR-21 Euplex.xml
4. • Gjenta prosessen etter behov for andre relevante panelfiler.
Behandle data
Når rådatafilene har blitt lastet opp til GeneMarker, er de klar til prosessering. Prosesseringstrinnet
inkluderer applikasjon av størrelsesstandard, filtrering av støytopper og sammenligning med et kjent
allelisk panel, hvis dette ønskes.
GeneMarker kombinerer alle disse trinnene i ett lettvint verktøy, kalt «Run Wizard» (kjøringsveiviser)
(figur 17). Du får tilgang til Run Wizard (kjøringsveiviser) ved ganske enkelt å klikke på ikonet «Run
Project» (kjør prosjekt) i hovedverktøylinjen.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 27 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Run Wizard (kjøringsveiviser) – opprette en Run Template (kjøringsmal)
Det er nødvendig å opprette en kjøringsmal første gang denne programvaren brukes til å analysere
QST*R-21 Euplex-data. Dette gjøres gjennom Run Wizard (kjøringsveiviser).
1. Du får tilgang til Run Wizard (kjøringsveiviser) ved ganske enkelt å klikke på ikonet «Run
Project» (kjør prosjekt) i hovedverktøylinjen.
2. Tilordne et malnavn, for eksempel QSTR-21 Euplex
3. Velg Panel, Size Standard (størrelsesstandard), Standard Colour (standardfarge) og Analysis
Type (analysetype) som vist i figur 17.
4. Klikk på «Save» (lagre) for å lagre malen for fremtidige analyser.
5. Klikk på «Next» (neste) for å fortsette.
Figur 17: Run Wizard (kjøringsveileder) – Malutvelgelsesvindu
Run Wizard (kjøringsveileder) – Data Process (dataprosessering)
Vinduet Data Process (dataprosessering) i Run Wizard (kjøringsveileder) gjør det mulig for brukeren å
velge toppfiltreringsparametre.
1. Velg de aktuelle analyseinnstillingene i dataprosesseringsvinduet som vist i figur 18.
2. Klikk på «Next» (neste) for å fortsette.
Merknad: Innstillingene for analyseområde i rådataanalyseboksen varierer, avhengig av polymeren
som brukes under datainnsamlingen. Operatøren bør velge en startdatapunktverdi som inkluderer
standardtoppstørrelsen på 75 bp.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 28 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Figur 18: Run Wizard (kjøringsveileder) – Vinduet Data Process (dataprosessering)
Merknad: For 3500 data økes Minimum Intensity (minimum intensitet) til 150.
Run Wizard (kjøringsveileder) – Additional Settings (ekstra innstillinger)
Det kreves ingen ekstra innstillinger når du utfører QST*R-analyse (figur 19).
1. Klikk på «OK» for å fortsette.
Figur 19: Run Wizard (kjøringsveileder) – Additional Settings (ekstra innstillinger)
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 29 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Databehandlingsboks
Etter å ha klikket på «OK» i boksen Run Wizard Additional Settings (kjøringsveiviser ekstra
innstillinger), vises boksen Data Processing (dataprosessering) (figur 20). Rådataene behandles og
ordnes etter størrelse, deretter brukes filtreringsparametrene og det valgte QST*R-panelet.
1. Klikk på «OK» i dataprosesseringsboksen når analysen er ferdig.
Figur 20: Databehandlingsboks
Hovedanalysevindu
Hovedanalysevinduet (Figur 21) i GeneMarker har en brukervennlig utforming. Utformingen omfatter:

• Liste over prøvefiler – vises på venstre side i vinduet.

• Synthetic Gel Image (syntetisk gel-bilde) – vises øverst i vinduet.

• Data Electropherograms (dataelektroferogrammer) – under gel-bildet.

• Report Table (rapporttabell) – vises på høyre side i vinduet.
I dette vinduet er det viktig å kontrollere at alle aktuelle topper i hver profil har blitt riktig beskrevet.
1. Dobbeltklikk fortløpende på hver prøve i prøvefiltreet på venstre siden på skjermen.
Høyreklikk på eventuelle aktuelle topper og velg fra alternativene i dialogboksen, for
eksempel for å redigere eller slette allel, bekrefte eller avkrefte etter det som passer.
2. I hovedanalysevinduet velger du «Applications» (applikasjoner) på rullemenyen øverst på
skjermen. Velg «Trisomy Analysis» (trisomianalyse). Boksen Trisomy Analysis Settings
(trisomianalyseinnstillinger) åpnes (figur 22).
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 30 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Figur 21: Hovedanalysevindu
Figur 22: Innstillingsboks for trisomianalyse
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 31 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Innstillinger for trisomianalyse
I boksen for trisomianalyseinnstillinger er det to kategorier tilgjengelig:
1. Analysis (analysekategorien)
2. Statistics Plot (statistikkplottkategorien)
Analysekategorien
Analysekategorien angir de alternative terskelinnstillingene for trisomianalyse. Påse at «BPG» er valgt
i analyseboksen og at følgende innstillinger vises.

• Peak Height (Topphøyde) 50: Minimumshøyde på 50 for at toppene skal benevnes. (150 hvis
det brukes 3500 data).

• Height Ratio (Høydeforhold) 30 %: Maksimum prosent av hovedtoppen som den andre toppen
må nå for at to alleler skal bli identifisert.

• Quantification by Peak Area (Kvantifisering etter toppområde).

• Shorter Length/Longer Length (Kortere lengde/lengre lengde valgt).

• Trisomy Ratio (Trisomitersklene) er 0,80 - 1,40.

• Apply Linear Correction (Bruk bortvalgt Linear Correction) er bortvalgt.

Klikk på «OK».
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 32 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse)
Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse) (Figur 23) gjør det mulig for operatøren å gjennomgå
QST*R-prøvedata og vise forholdet mellom topper for hver markør og få tilgang til GeneMarkerrapporten.
Det finnes flere skjermer som hjelper operatøren med dataanalysen, og disse er:

Sample List (prøveliste)

Electropherogram (elektroferogram).

Ratio Plot (forholdsplott).

Report Table (rapporttabell).
Figur 23: Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse)
Du finner mer detaljert informasjon om trisomianalysefunksjoner og bruk av disse i GeneMarker Manual
(GeneMarker-håndboken).
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 33 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
GeneMarker-rapport
GeneMarker inkluderer en rapportmal som er kompatibel med Elucigene QST*R-settene. Du får tilgang
til rapporten ved å klikke på ikonet «Print» (skriv ut) på verktøylinjen øverst til venstre i
trisomianalysevinduet.
Dette åpner vinduet Trisomy Print Settings (innstillinger for trisomiutskrift) (Figur 24).
Vinduet Trisomy Print Settings (trisomiutskriftsinnstillinger)
Trisomiutskriftsinnstillingene beskriver i detalj alternativene for inklusjon og visualisering av prøvedata
i GeneMarker-rapporten.
Velg alternativene som vist i Figur 24. Påse at «Custom Size Range» (tilpasset størrelsesområde) er
innstilt på 98 bp (Start) og 510 bp (End).
Figur 24: Vinduet Trisomy Print Settings (trisomiutskriftsinnstillinger)
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 34 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Forhåndsvise GeneMarker
Klikk på «Preview» (forhåndsvisning) for å vise GeneMarker-rapporten (figur 25). I dette vinduet kan
operatøren gjennomgå og skrive ut toppdata fra hver prøve på tvers av alle markører og lage en enkel
prøverapport på én eller to sider.
Figur 25: GeneMarker-rapport
GeneMarker-rapporten inkluderer følgende funksjoner:

• Rapportoverskrift: Inneholder informasjon om analyse, prosjekt, prøve og parametre.

• Underskriftboks: Dato og initial plass til rapportgranskere.

• Elektroferogram: Ligner trisomianalysevinduet, viser alle farger i prøvesporingen.

• Rapporttabell: Viser valgte topp- og markørverdier for gjeldende prøve. Trisomiresultatene
vises med grå farge. Det finnes en ekstra kontrollkolonne for granskerens initialer.

• Korrigert forholdsplott: Inneholder hele datasettets plottpunkter for alle markører i farge.
Symbolformene representerer forskjellige markører og kan tydes fra Symbol-raden i
rapporttabellen. Gule symboler representerer datapunkter for den gjeldende prøven. Symboler
med røde konturer representerer trisomiresultater.
Merknad: Det korrigerte forholdsplottet vises på side 2 for hver prøve, bare når forholdsplottet er valgt
i innstillingsboksen for utskrift av trisomirapporter.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 35 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
TILLEGG 1: Fargestoffetiketter
Markørene er merket slik:
Se tillegg 2 for flere detaljer om STR-markører, inkludert størrelsesområder.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 36 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
TILLEGG 2: - Tabell over markørplass, observert heterozygositet,
allelstørrelsesområde
Merknad: NED-fargen som ble brukt i settene ble identifisert spektralt som en gul farge. Den
vises konvensjonelt i svart skrift av klarhetshensyn.
*Observerte heterozygositeter er basert på antallet alleler som er observert med et Elucigene
Diagnostics testingspanel. Disse tallene kan derfor avvike fra publiserte data og kan også
variere i henhold til populasjonen som testes.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 37 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
TILLEGG 3: GeneMapper-profil
GeneMapper normal mannlig profil som viser relative posisjoner til markørene detektert av
QST*R-21 Euplex
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 38 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Begrensninger ved prosedyren
Denne
testen
er
utarbeidet
for
å
detektere
spesifikke
kromosomtrisomier
og
kjønnskromosomaneuploider som beskrevet i bruksanvisningen. Den detekterer muligens ikke
strukturelle omlegginger som involverer kromosomene som testes og vil ikke detektere unormale
tilstander i noen andre kromosomer. Det er mulig at mosaisisme for kromosomet som testet ikke blir
detektert. Et QST*R-21 Euplex-resultat kan bare brukes direkte på vevet som testes, og vil muligens
ikke representere den føtale karyotypen. Maternell kontaminering av celler (Maternal Cell
Contamination, MCC) og isolert mosaisisme i placenta (Confined Placental Mosaicism, CPM) kan
resultere i uoverensstemmelser mellom QST*R-21 Euplex og karyotyperesultatene
Merknad: Heterozygositeter for markørene som ble brukt, ble tatt fra et tilfeldig prøvesett fra en
hovedsakelig nordeuropeisk, kaukasisk populasjon, som ble innlevert for rutinemessig analyse.
Eventuelle beregninger med disse heterozygositetene gjelder strengt bare populasjonen der prøvene
ble tatt. En liten studie som bruker lokalt innhentede prøver kan utføres som en del av
valideringsstudien, for å etablere heterozygositeter i populasjonen som testes. Det forventes ikke at
populasjonsvariasjon vil medføre betydelige endringer i analysens generelle informasjonsevne.
Ansvarsfraskrivelse
Resultatene fra denne diagnostiske analysen skal tolkes i sammenheng med andre laboratoriedata og
kliniske data som er tilgjengelig for klinikeren.
Disse Elucigene-reagensene leveres for in vitro-diagnostisk testing.
Ytterligere informasjon om Elucigene QST*R-produkter er tilgjengelig på:
http://www.elucigene.com/product-category/rapid-aneuploidy-analysis/
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 39 av 40
Elucigene® QST*R-21 Euplex-analyse Bruksanvisning
Referanser
1. CG Antenatal Care: Full Guidelines (Corrected June 2008) UK National Institute for Health and
Clinical Excellence.
2. O’Connor, C. (2008) Trisomy 21 Causes Down Syndrome. Nature Education 1(1)
3. Mansfield E S. Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative
polymerase chain reaction and s.mall tandem repeat polymorphisms. Human Molecular
Genetics 1993 2(1): 43–50.
4. Mann K, Fox SP, Abbs SJ, Yau SC, Scriven PN, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Development
and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health
Service and implications for the future of prenatal diagnosis. The Lancet 2001 358 (9287):
1057–1061.
5. Mann K, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Strategies for the rapid prenatal
diagnosis of chromosome aneuploidy. European Journal of Human Genetics 2004 12: 907–
915.
6. Mackie Ogilvie C, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mann K. Rapid prenatal diagnosis of an
aneuploidy using Quantitative Fluorescence-PCR (QF-PCR). Journal of Histochemistry and
Cytochemistry 2005 53(3): 285–288.
7. Deutsch S, Choudhury U, Merla G, Howald C, Sylvan A, Antonarakis SE. Detection of
aneuploidies by paralogous sequence quantification. Journal of Medical Genetics 2004 41:
908–915.
ELUCIGENE og QST*R er varemerker for Delta Diagnostics (UK) Ltd.
GENEMARKER er et varemerke for SoftGenetics Corporation. GENEMAPPER, GENESCAN, NED,
VIC, PET, POP-7, LIZ og HI-DI er varemerker for Life Technologies Corporation.
Merknad til kjøperen: Begrenset lisens
Dette produktet selges i henhold til en avtale med Life Technologies Corporation. Kjøpet av dette
produktet gir kjøperen en ikke-overførbar rett til å bruke kun kjøpt mengde av produktet og dets deler
til human in-vitro-diagnostikk, utelukkende for indikasjonen beskrevet i medfølgende bruksanvisning.
Hvis du ønsker informasjon om hvordan du kan innhente ytterligere rettigheter til å bruke dette produktet
eller dets deler, kan du ta kontakt med outlicensing@lifetech.com.
Copyright  2015 Delta Diagnostics (UK) Ltd.
ANE21BYNO 002
OKT-2015
Side 40 av 40