1. No category

Salmonella Overvågning
Salmonella er en af de vigtigste fødevarebårne bakterier.
Salmonella er årsag til mange sporadiske infektioner, men er
også kilde til udbrud, hvor mange mennesker i Danmark er
smittet fra den samme fødevarekilde.
I Danmark er der omkring 1.000 registrerede Salmonella infektioner om
året. Salmonella kan yderligere opdeles på basis af serotypen, hvor der er
over 2.500 forskellige slags identificeret på nuværende tidspunkt.
De klinisk mikrobiologiske afdelinger i Danmark sender alle Salmonella
isolater, der isoleres fra patienter til den nationale overvågning på Statens
Serum Institut (SSI). Omtrent 50 % af alle indsendte isolater indsendes med
serotyperne Enteritidis, Typhimurium og den monofasiske variant af
Typhimurium. De sidste 50 % indsendes som serotype ukendt og serotypes
på SSI for overvågningen (figur 1). Figur 1. Forekomsten af Salmonella serotyper i årene 2011­2015. Andre
serotyper udgør det samlede antal af isolater med serotyper, der
forekommer under 100 gange over de fem år.
For yderligere at opdele isolaterne laver vi en DNA­typning. Denne opdeling
bruges, når vi skal vurdere, om der er ophobninger af "en type", og om vi
skal starte en udbrudsopklaring. For de hyppige serotyper, Typhimurium (og
den monofasiske variant) og Enteritidis laver vi en multiple locus variable
number of repeat analysis (MLVA) typning. MLVA er på nuværende tidspunkt
udviklet specifikt for disse to serotyper og er baseret på PCR af fem variable
loci i genomet. Baseret på størrelsen af disse fem loci kan vi opdele
isolaterne i MLVA­typer, som vi kan bruge i vores vurdering af ophobninger
og udbrud.
For alle andre serotyper gælder det, at vi baserer vores første indikationer
på ophobninger på serotypen og først derefter DNA­typer. Vores foretrukne
metoder til dette er genomsekventering (WGS). WGS er baseret på en
sekvensering af hele genomet, hvorefter de nukleotid forskelle, der er
mellem genomerne bruges til at finde ud af, om der er ophobninger af en
type eller tæt beslægtede typer.
I efteråret 2015 havde vi en ophobning af serotypen Oranienburg, og vi
kørte derfor WGS på alle indkomne isolater fra 2014, 2015 og 2016 samt
enkelte isolater fra et kendt udbrud i 2001­2002 for at finde ud af, hvor tæt
beslægtede isolaterne er. Figur 2 viser en clusteranalyse baseret på enkelt
nukleotid polymorfi (SNP) forskelle, fra WGS data, mellem Oranienburg
isolaterne. Denne analyse viser, at vi i 2015 og 2016 har haft et en
ophobning af samme WGS­type.
Figur 2. Salmonella Oranienburg SNP­træ af de tættest beslægtede isolater,
hvor antal SNP forskelle er vist med tal. En farvet cirkel repræsenterer en
type og hvis flere isolater har samme type er dette vist ved streger i cirklen.
Den ophobning af isolater vi fandt i 2015 og 2016 er vist med en blå firkant.
Sidst redigeret 11. oktober 2016
Relateret indhold
Fødevarebårne Infektioner
Sektion for Fødevarebårne Infektioner
Kontakt
Mikrobiologi & Infektionskontrol
Fødevarebårne Infektioner
Mia Torpdahl
Tlf.: 3268 3643
Fax: 3268 8238 mtd@ssi.dk
eller
Laboratoriet
typning@ssi.dk
Printet fra www.ssi.dk den 17.10.2016, kl. 13:26
© Statens Serum Institut 2016
Siden kan findes på adressen:
Forside
Smitteberedskab
Reference­ og speciallaboratorier Bakterier
Fødevarebårne Infektioner
Salmonella
Statens Serum Institut
Artillerivej 5
2300 Kbh S
T 3268 3268
F 3268 3868
EAN 5798000362192
E serum@ssi.dk
Ansvarsfraskrivelse
Ophavsret
Læs højt
Sitemap